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一、注意秸秆的翻埋量。秸秆直接还田时翻埋量不宜过多，一般每亩500公斤以下，否则不仅会影响秸秆腐解的速度，而且秸秆腐解过程中产生的各种有机酸过多，对作物根系还有损害作用。
二、注意加强水分管理。土壤水分状况是决定秸秆腐解速度的重要因素，所以秸秆直接还田，需把秸秆切碎后翻埋土壤中，翻埋深度20厘米左右。一定要覆土严密，防止跑墒。对土壤墒情差的，耕翻后应灌水，而墒情好的则应镇压保墒，促使土壤密实，以利于秸秆吸水分解。
三、注意翻压时间和方法。秸秆还田要尽量边收割边耕埋，因初收获时含水较多，及时耕埋利于腐解。
四、注意补施养分。补施养分，是为了解决微生物与作物幼苗争夺养分的矛盾。因为一般粮食作物秸秆的碳氮比很低，如不增施化学氮肥，微生物为了分解有机物质，必然会与作物幼苗争夺土壤中速效氮素，影响幼苗的正常生长。因此，在秸秆还田时，最好施用氮肥，调节碳氮比至30∶1左右。也可适当增施过磷酸钙，以增加养分，加速腐解，提高肥效。
五、注意避免病害传播。为了减少病虫害的传播，应避免把病虫害严重的大麦、小麦、玉米、大豆等秸秆直接还田，可将这些秸秆直接高温堆沤后再施用。
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